Chứng từ thanh toán bổ sung sau khi đã có kết luận kiểm tra từ cơ quan Thuế sẽ không được chấp nhận

Về thuế GTGT đầu vào không được hoàn theo kết luận kiểm tra hoàn thuế do khách hàng chậm thanh toán:

- Tại khoản 1 và khoản 3 Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/06/2019 quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế

“Điều 47. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

…

3. Sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được quy định như sau:

a) Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với trường hợp làm tăng số tiền thuế phải nộp, giảm số tiền thuế được khấu trừ hoặc giảm số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn và bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này;

b) Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.”;

- Tại điểm a khoản 3 Điều 16 Thông tư hợp nhất số 21/VBHN-BTC ngày 30/12/2021 của Bộ Tài chính quy định về thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu:

“3. Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu phải thanh toán qua ngân hàng

a) Thanh toán qua ngân hàng là việc chuyển tiền từ tài khoản của bên nhập khẩu sang tài khoản mang tên bên xuất khẩu mở tại ngân hàng theo các hình thức thanh toán phù hợp với thỏa thuận trong hợp đồng và quy định của ngân hàng. Chứng từ thanh toán tiền là giấy báo Có của ngân hàng bên xuất khẩu về số tiền đã nhận được từ tài khoản của ngân hàng bên nhập khẩu. Trường hợp thanh toán chậm trả, phải có thỏa thuận ghi trong hợp đồng xuất khẩu, đến thời hạn thanh toán cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trường hợp ủy thác xuất khẩu thì phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng của phía nước ngoài cho bên nhận ủy thác và bên nhận ủy thác phải thanh toán tiền hàng xuất khẩu qua ngân hàng cho bên ủy thác. Trường hợp bên nước ngoài thanh toán trực tiếp cho bên ủy thác xuất khẩu thì bên ủy thác phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng và việc thanh toán như trên phải được quy định trong hợp đồng.

…”;

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp Công ty đã được cơ quan thuế kiểm tra và kết luận không đủ điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT tương ứng với doanh thu lô hàng xuất khẩu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng của phía nước ngoài, đến sau thời điểm có kết luận của cơ quan thuế mới có chứng từ thanh toán đối với lô hàng xuất khẩu thì không được kê khai bổ sung điều chỉnh tăng số tiền thuế GTGT được khấu trừ và hoàn thuế đối với số tiền thuế GTGT đã được cơ quan thuế kết luận không đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế.

Tham khảo công văn 3244/CTBDI-TTHT của Cục Thuế tỉnh Bình Định về việc khai thuế sau kiểm tra hoàn thuế giá trị gia tăng.