Kê khai, khấu trừ bổ sung đối với hóa đơn, chứng từ bị bỏ sót.

Tại Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:
“Điều 47. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế
1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

2. Khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế thì người nộp thuế vẫn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế; cơ quan thuế thực hiện xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này.

3. Sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được quy định như sau:
a) Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với trường hợp làm tăng số tiền thuế phải nộp, giảm số tiền thuế được khấu trừ hoặc giảm số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn và bịxử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này;
b) Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.

4. Hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế bao gồm:
a) Tờ khai bổ sung;
b) Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan.…”

Tại Điều 8 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/03/2013 của Bộ Tài chính quy định về thời điểm xác định thuế GTGT đầu ra như sau:
“Điều 8. Thời điểm xác định thuế GTGT
1.Đối với bán hàng hoá là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hoá cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.
2.Đối với cung ứng dịch vụ là thời điểm hoàn thành việc cung ứng dịch vụ hoặc thời điểm lập hoá đơn cung ứng dịch vụ, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.
Đối với dịch vụ viễn thông là thời điểm hoàn thành việc đối soát dữ liệu về cước dịch vụ kết nối viễn thôngtheo hợp đồng kinh tế giữa các cơ sở kinh doanh dịch vụ viễn thông nhưng chậm nhất không quá 2 tháng kể từ tháng phát sinh cước dịch vụ kết nối viễn thông.
3.Đối với hoạt động cung cấp điện, nước sạch là ngày ghi chỉ số điện, nước tiêu thụ trên đồng hồ để ghi trên hoá đơn tính tiền.
4.Đối với hoạt động kinh doanh bất động sản, xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, chuyển nhượng hoặc cho thuê là thời điểm thu tiền theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng. Căn cứ số tiền thu được, cơ sở kinh doanh thực hiện khai thuế GTGT đầu ra phát sinh trong kỳ.
5.Đối với xây dựng, lắp đặt, bao gồm cả đóng tàu, là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.
6.Đối với hàng hoá nhập khẩu là thời điểm đăng ký tờ khai hải quan.”
Tại điểm a khoản 5 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/03/2013 của Bộ Tài chính quy định xác định số thuế GTGT phải nộp như sau:
“Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng tính thuếtheo phương pháp khấu trừ thuế khi bán hàng hóa, dịch vụ phải tính và nộp thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra....”
Tại khoản 8 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/03/2013 của Bộ Tài chính quy định về nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:
“8. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.”

Như vậy:
 * Đối với hoá đơn GTGT đầu ra: hóa đơn đầu ra xuất bán phát sinh kỳ nào thì thực hiện khai bổ sung, điều chỉnh kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn đó theo quy định.
* Đối với hoá đơn GTGT đầu vào: thời điểm phát hiện hóa đơn bỏ sót kỳ nào thì kê khai, khấu trừ bổ sung tại kỳ tính thuế phát hiện hóa đơn bỏ sót nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định, kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.